L´interno, a croce latina, si presenta ad una sola navata con 4 cappelle laterali dedicate a san Gerardo Maiella, san Clemente M. Hofbauer, san Giuseppe e alla Madonna del Rosario.
La statua di quest´ultima è rivestita con il prezioso abito da sposa di Maria Cristina di Savoia, regina delle due Sicilie , che lei stessa donò devotamente.
Dal 1930 al 1933 furono eseguiti lavori di restauro e di decorazione sotto la direzione di Gino Chierici.
L´intera basilica venne interamente rivestita di marmi pregiati e la cupola fu affrescata da Paolo Vetri con la raffigurazione di sant´Alfonso attorniato da angeli, santi e beati, nell´atto di protendersi verso il Redentore e la Vergine Maria.
I quattro peducci rappresentano le virtù della spiritualità alfonsiana: Povertà, Orazione, Castità e Mansuetudine.
Le vetrate artistiche riportano immagini di santi e beati dell´Istituto Redentorista fondato dallo stesso sant´Alfonso.
L´altare centrale , innalzato nel 1883 con marmi provenienti dalla Reggia di Caserta, è sormontato dalla pala raffigurante san Michele Arcangelo.
I due altari laterali in marmi commessi sono dedicati al Cuore Eucaristico di Gesù e alla Madonna del Perpetuo Soccorso.
Quest´ultimo proviene dal primitivo oratorio e lo stesso sant´Alfonso vi ha celebrato l´Eucarestia.
A sinistra dell´abside si apre la Cappella del santo, iniziata nel 1821 sotto il patrocinio del re Ferdinando II di borbone e restaurata nel 1933-34 dal Chierici , che l´abbellì di pregiati marmi.
L´altare in marmi policromi racchiude nella parte inferiore l´urna del santo, realizzata in argento con la fusione di oggetti preziosi donati dai fedeli
Le reliquie , disposte anatomicamente su un carrello d´argento, sono sormontate dalla statua lignea del santo, eseguita dall´artista napoletano Antonio Lebbro