La Pinacoteca, inaugurata nel 1996, raccoglie circa 100 dipinti per lo più di carattere sacro, tra cui numerosi ritratti del santo.
Di particolare interesse alcune opere del XVI secolo la Madonna con Bambino di Decio Tramontano; L´Annunciazione e la Madonna del Rosario del fiammingo Teodoro d´Errico; Gesù coronato di spine attribuito a Polidoro di Caravaggio.
Non mancano esempi pregevoli della scuola napoletana del ´700, tra cui l´Adorazione del Bambino di Antonio Sarnelli e due grandi tele raffiguranti La nascita della Vergine e La nascita di San Giovani Battista, attualmente in deposito nel coro della Basilica proprio per le loro grandi dimensioni.